中文网站 
いつもNature.comをご覧いただきありがとうございます。CSS サポートが制限されたブラウザ バージョンを使用しています。最高のエクスペリエンスを得るには、更新されたブラウザーを使用する (または Internet Explorer の互換モードを無効にする) ことをお勧めします。さらに、継続的なサポートを確保するために、スタイルと JavaScript を使用せずにサイトを表示しています。
一度に 3 つのスライドのカルーセルを表示します。[前へ] ボタンと [次へ] ボタンを使用して一度に 3 つのスライドを移動するか、最後にあるスライダー ボタンを使用して一度に 3 つのスライドを移動します。
2019 年のコロナウイルス病 (COVID-19) の発生以来、多くの商用核酸増幅検査 (NAAT) が世界中で開発され、標準的なアッセイとなっています。いくつかのテストが迅速に開発され、検査室の診断テストに適用されましたが、これらのテストのパフォーマンスはさまざまな設定で評価されていません。したがって、この研究は、複合参照標準 (CRS) を使用して、Abbott SARS-CoV-2、Daan Gene、BGI、および Sansure Biotech アッセイの性能を評価することを目的としていました。この研究は、2020 年 12 月 1 日から 30 日までエチオピア公衆衛生研究所 (EPHI) で実施されました。QIAamp RNA ミニキットと Abbott DNA サンプル調製システムを使用して、164 個の鼻咽頭サンプルが抽出されました。164 検体のうち、59.1% が陽性で、40.9% が CRS 陰性でした。 Sansure Biotech の陽性率は、CRS と比較して有意に低かった (p < 0.05)。 Sansure Biotech の陽性率は、CRS と比較して有意に低かった (p < 0.05)。 Sansure Biotech は、CRS と比較して評価されました (p < 0,05)。 Sansure Biotech の陽性結果は、CRS と比較して有意に低かった (p < 0.05)。CRS と比較して、Sansure Biotech の有病率は低かった（p < 0.05）。CRS と比較して、Sansure Biotech の有病率は低かった（p < 0.05）。 У Sansure Biotech は、CRS (p < 0,05) を評価しました。 Sansure Biotech は、CRS と比較して陽性結果が有意に少なかった (p < 0.05)。4 つの分析の全体的な一致は、CRS と比較して 96.3 ～ 100% でした。Sansure Biotech アッセイの陽性率が低いことに加えて、4 つのアッセイの性能はほぼ同等でした。そのため、Sansure Biotech [Research Only (RUO)] アッセイをエチオピアで使用するには、追加の検証が必要です。最後に、適切な製造元の主張でアッセイを評価するために、追加の研究を検討する必要があります。
臨床検査は、世界保健機関 (WHO) の 2019 年コロナウイルス病 (COVID-19) への準備と対応 (SPRP) の戦略計画の一部です。WHO は、公衆衛生上の課題に対する備え、適切な症例管理、警戒、および迅速な対応を改善するために、各国が検査室の能力を構築する必要があると助言しています。これは、検査室の役割が、新興感染因子の疾患と疫学を特徴付け、それらの拡散を制御するための鍵であることを示唆しています。
COVID-19 の診断には、疫学的および医学的情報、個人の症状/徴候、X 線および検査データが必要です2。COVID-19 の発生が中国の武漢で報告されて以来、多くの商用核酸増幅検査 (NAAT) が世界中で開発されてきました。リアルタイム逆転写ポリメラーゼ連鎖反応 (rRT-PCR) は、重症急性呼吸器症候群 2 (SARS-CoV-2)3 感染の検査室診断の日常的かつ標準的な方法として使用されています。SARS-CoV-2 の分子検出は通常、ORF1a/b (オープンリーディングフレーム 1a/b) の N (ヌクレオキャプシドタンパク質遺伝子)、E (エンベロープタンパク質遺伝子)、および RdRp (RNA 依存性 RNA ポリメラーゼ遺伝子) 遺伝子に基づいています。 .ウイルスゲノムから同定された遺伝子）領域。それらは、ウイルス認識のためにウイルスゲノムに見られる主要な保存領域であると考えられています 。これらの遺伝子のうち、RdRp および E 遺伝子は分析検出感度が高く、N 遺伝子は分析感度が低い5。
PCR アッセイの性能は、抽出試薬、増幅/検出試薬、抽出方法、PCR 装置の品質、その他の機器などのさまざまな要因によって異なります。2020 年 4 月の時点で、9 か国の 48 を超えるさまざまな診断デバイスが、COVID-196 診断のための緊急使用許可 (EUA) を取得しています。エチオピアでは、ABI 7500、Abbott m2000、Roche 48000、Quant-studio7 など、26 の公衆衛生機関で SARS-CoV-2 の PCR 検出に 14 以上のリアルタイム PCR プラットフォームが使用されています。さらに、Daan Gene テスト、Abbott SARS-CoV-2 テスト、Sansure Biotech テスト、SARS-CoV-2 BGI テストなど、さまざまな PCR テスト キットが利用可能です。rRT-PCR は非常に感度が高いですが、COVID-19 の一部の患者は、サンプル中のウイルス リボ核酸 (RNA) のコピーが不十分なため、不適切な収集、輸送、保管、取り扱い、および実験室での検査により、偽陰性の結果を報告しています。要員の条件と行動 8。さらに、サンプルまたはコントロールの誤った取り扱い、サイクル閾値 (Ct) 設定、および他の病原性核酸または不活性/残留 SARS-CoV-2 RNA との交差反応性により、rRT-PCR9 アッセイで偽陽性の結果が生じる可能性があります。したがって、PCR検査は実際に遺伝子断片の保因者を特定できることは明らかです.真に活性なウイルス遺伝子を区別することさえできないため、検査では保因者のみを特定でき、患者は特定できません10.したがって、私たちの設定で標準的な方法を使用して診断性能を評価することが重要です。多くの NAAT 試薬がエチオピア公衆衛生研究所 (EPHI) および全国で入手可能ですが、それらの有効性の比較評価はまだ報告されていません。したがって、この研究は、臨床検体を使用したrRT-PCRによるSARS-CoV-2の検出のための市販のキットの比較性能を評価することを目的としました。
COVID-19が疑われる合計164人の参加者がこの研究に含まれました。サンプルの大部分は治療センターからのもので (118/164 = 72%)、残りの 46 人 (28%) の参加者は非治療センターからのものでした。センターで治療を受けていない参加者のうち、15 人 (9.1%) は臨床的に疑わしい症例があり、31 人 (18.9%) は確定症例との接触がありました。93 名 (56.7%) の参加者は男性で、参加者の平均 (± SD) 年齢は 31.10 (± 11.82) 歳でした。
この研究では、COVID-19 の 4 つの検査の陽性率と陰性率が決定されました。したがって、Abbott SARS-CoV-2 アッセイ、Daan Gene 2019-nCoV アッセイ、SARS-CoV-2 BGI アッセイ、Sansure Biotech 2019-nCoV アッセイの陽性率は、それぞれ 59.1%、58.5%、57.9%、55.5% でした。 .正と負の複合参照標準 (CRS) スコアは、それぞれ 97 (59.1%) と 67 (40.9%) でした (表 1)。この研究では、CRS の定義は、4 つの検査結果のうち、同じ結果を示した 2 つ以上の検査結果が真の陽性または陰性と見なされる「すべての陽性」規則に基づいていました。
この研究では、CRS と比較して、すべての分析で 100% (95% CI 94.6–100) の負のパーセント一致 (NPA) が見つかりました。Sansure Biotechnology の分析では、93.8% (95% CI 87.2-97.1) の最小 PPA が示され、Daan Gene 2019-nCoV 分析では、99.4% (95% CI 96.6-99.9) の全体的な一致が得られました。対照的に、SARS-CoV-2 BGI アッセイと Sansure Biotech 2019-nCoV アッセイの間の全体的な一致は、それぞれ 98.8% と 96.3% でした (表 2)。
CRS とアボットの SARS-CoV-2 アッセイ結果の間の Cohen のカッパ一致係数は完全に一致していました (K = 1.00)。同様に、Daan Gene 2019-nCoV、SARS-CoV-2 BGI、および Sansure Biotech 2019-nCoV によって検出された Cohen のカッパ値も、CRS と完全に一致しています (K ≥ 0.925)。この比較分析では、カイ 2 乗検定 (McNemar 検定) により、Sansure Biotech 2019-nCoV アッセイの結果が CRS の結果と有意に異なることが示されました (p = 0.031) (表 2)。
図に示すように、1 Abbott SARS-CoV-2 アッセイ (RdRp と N 遺伝子を組み合わせたもの) の最低 Ct 値 (< 20 Ct) のパーセンテージは 87.6% であり、Sansure Biotech 2019-nCoV アッセイの ORF1a/b 遺伝子 Ct 値は、低 Ct 値のパーセンテージがCt 値 (< 20 Ct) は 50.3% で、高い Ct 値 (36 ～ 40 Ct) は 3.2% でした。 1 Abbott SARS-CoV-2 アッセイ (RdRp と N 遺伝子を組み合わせたもの) の最低 Ct 値 (< 20 Ct) のパーセンテージは 87.6% であり、Sansure Biotech 2019-nCoV アッセイの ORF1a/b 遺伝子 Ct 値は、低 Ct 値のパーセンテージがCt 値 (< 20 Ct) は 50.3% で、高い Ct 値 (36 ～ 40 Ct) は 3.2% でした。図に示すように、1, процент наименьшего значения Ct (< 20 Ct) анализа Abbott SARS-CoV-2 (комбинированный ген RdRp и N) составил 87,6%, а значение Ct гена ORF1a/b анализа Sansure Biotech 2019-nCoV показало что процент низкого значения Ct (< 20 Ct) は 50.3%、残りの Ct (36–40 Ct) は 3.2% です。 1、Abbott SARS-CoV-2（遺伝子RdRpとNを組み合わせたもの）の最低Ct値（<20 Ct）分析のパーセンテージは87.6％であり、Sansure Biotech 2019-nCoVのORF1a/b遺伝子分析のCt値は低 Ct 値 (< 20 Ct) のパーセンテージが 50.3% を占め、高値 Ct (36 ～ 40 Ct) が 3.2% を占めていることがわかりました。図 1 に示すように、Abbott SARS-CoV-2 検出（RdRp と N 遺伝子の結合）の最小 Ct 値の百分率（< 20 Ct）は 87.6% であり、Sansure Biotech 2019-nCoV 検出の ORF1a/b 遺伝子 Ct 値は低い Ct を示しています値(< 20 Ct)の百分率は50.3%、高Ct値(36-40 Ct)の百分率は3.2%。 図 1 に示すように、Abbott SARS-CoV-2 テスト (RdRp と N 遺伝子の組み合わせ) の Ct 値の最低パーセンテージ (< 20 Ct) は 87.6% であり、Sansure Biotech 2019-nCoV テストの ORF1a/b 遺伝子の Ct 値です。低 Ct 値 (< 20 Ct) の割合が 50.3%、高 Ct 値 (36-40 Ct) の割合が 3.2% であることを示しています。 Как показано на рисунке 1, анализ Abbott SARS-CoV-2 (сочетающий гены RdRp и N) имел самое низкое процентное значение Ct (< 20 Ct) в размере 87,6%, а значение Ct гена ORF1a/b в исследовании Sansure Biotech 2019 - Анализ nCoV показал низкий Ct. 図 1 に示すように、Abbott SARS-CoV-2 アッセイ (RdRp と N 遺伝子を組み合わせたもの) の Ct 値の割合は 87.6% と最も低く (< 20 Ct)、Sansure の ORF1a/b 遺伝子の Ct 値はBiotech 2019 研究 – nCoV の分析では、低い Ct が示されました。 パーセンテージ (< 20 Ct) は 50.3%、パーセンチュリー Ct (36–40 Ct) は 3.2% です。 値の割合 (< 20 Ct) は 50.3% で、高 Ct 値 (36 ～ 40 Ct) の割合は 3.2% でした。アボットの SARS-CoV-2 B テストでは、30 を超える Ct 値が記録されました。 一方、BGI SARS-CoV-2 アッセイでは、ORF1a/b 遺伝子の Ct 値が高かった (> 36 Ct) 割合は 4% でした (図 1)。 一方、BGI SARS-CoV-2 アッセイでは、ORF1a/b 遺伝子の Ct 値が高かった (> 36 Ct) 割合は 4% でした (図 1)。 現在、BGI SARS-CoV-2 は ORF1a/b に感染しており、Ct (> 36 Ct) は 4% (1 セント) を占めています。 一方、BGI SARS-CoV-2 遺伝子 ORF1a/b の解析では、Ct 値が高く (> 36 Ct)、その割合は 4% でした (図 1)。一方、BGI SARS-CoV-2 検査では、ORF1a/b 遺伝子の Ct 値が高く（> 36 Ct）、その割合は 4% でした（図 1）。 一方、BGI SARS-CoV-2 検出では、Ct 値が高い (>36 Ct) ORF1a/b 遺伝子の割合は 4% です (図 1)。 現在、BGI SARS-CoV-2 は、ORF1a/b が Ct (>36 Ct) で 4% (рис. 1). 一方、BGI SARS-CoV-2解析では、Ct値が高い（>36 Ct）ORF1a/b遺伝子の割合は4%でした（図1）。
この研究では、164 の鼻咽頭サンプルを採取しました。すべてのタイプのアッセイについて、それぞれのメーカーが推奨する方法とキットを使用して、RNA の分離と増幅を行いました。
この研究は、SARS-CoV-2 に対する Abbott のテストが CRS と同じ検出性能を持ち、100% の陽性、陰性、および全体的な一致を示すことを示しました。Cohen のカッパ一致は 1.00 で、CRS との完全な一致を示しています。米国のワシントン大学による同様の研究では、CDC の検査室測定法 (LDA) と比較して、SARS-CoV-2 に対するアボット検査の全体的な感度と特異度がそれぞれ 93% と 100% であることがわかりました。 .11. アボットの SARS-CoV-2 検出システムは、N 遺伝子と RdRp 遺伝子の同時検出に基づいています。これは、両方の遺伝子がより感度が高く、偽陰性を最小限に抑えるためです 12。オーストリアのウィーンで行われた研究では、抽出サンプル量と検出溶離液量が多いほど、希釈効果が最小限に抑えられ、検出効率が向上することが示されました 13。したがって、SARS-CoV-2 アッセイに対するアボットの完全な一致は、コンビナトリアル遺伝子を同時に検出し、多数のサンプル (0.5 ml) を抽出し、大量の溶離液 (40 μl) を使用するプラットフォーム検出システムと関連付けることができます。
私たちの結果はまた、大安遺伝子検査の検出性能がCRSの検出性能とほぼ同じであることを示しました。これは、中国の淮南にある安徽大学で実施された研究 14 と、100% 肯定的な一致であるというメーカーの主張と一致しています。一貫した結果が報告されているにもかかわらず、同じ溶出液を再テストした後、1 つのサンプルが偽陰性でしたが、Abbott SARS-CoV-2 および Sansure Biotech nCoV-2019 アッセイでは陽性でした。これは、さまざまな種類のアッセイ間で結果にばらつきがある可能性があることを示唆しています。 それにもかかわらず、中国で実施された研究では 15、Daan Gene アッセイの結果は、研究室で定義された参照アッセイと比較して有意に異なっていました (p < 0.05)。 それにもかかわらず、中国で実施された研究では 15、Daan Gene アッセイの結果は、研究室で定義された参照アッセイと比較して有意に異なっていました (p < 0.05)。 2015 年 1 月 15 日に 15 歳で、15 歳未満であることが判明しました。 しかし、中国での研究 15 では、Daan Gene の分析結果は、実験室の参照分析とは有意に異なっていました (p < 0.05)。しかし、中国で行われた研究 15 では、大遺伝子検出の結果は、その研究所が定義した参照検出と比較して差がありました（p < 0.05）。しかし、中国で行われた研究 15 では、大安遺伝子検査の結果は、その研究所が定義した参考検査と比較して、0.05 未満の差がありました。 Однако в исследовании, проведенном в Китае15, результаты генетического теста Daan значительно отличались (p < 0,05) по сравнению с его эталонным лабораторным тестом. しかし、中国での研究 15 では、Daan の遺伝子検査の結果は、その参照検査室検査と比較して有意に異なっていました (p < 0.05)。この不一致は、SARS-CoV-2 を検出するための参照テストの感度が原因である可能性があり、原因を特定するにはさらなる研究が重要になる可能性があります。
さらに、私たちの研究では、SARS-CoV-2 BGI アッセイと CRS の比較パフォーマンスを評価し、優れた肯定的な一致率 (PPA = 97.9%)、否定的な一致率 (NPA = 100%)、および性別による全体的な一致率 ( OPA)。）。= 98.8%)。Cohen のカッパ値はよく一致しました (K = 0.975)。オランダ 16 と中国 15 での研究では、一貫した結果が示されています。SARS-CoV-2 BGI テストは、10 μl の増幅/検出溶出液を使用した単一遺伝子 (ORF1a/b) 検出テストです。参照結果との統計的な一致は良好でしたが、分析では、サンプル全体の 2 つの陽性サンプル (1.22%) が見落とされました。これは、患者レベルとコミュニティレベルの両方で、感染力学に大きな臨床的影響を与える可能性があります。
この研究に含まれる別の比較分析は、Sansure Biotech nCoV-2019 rRT-PCR (RUO) アッセイです。全体の一致率は 96.3% でした。一致の強さは、CRS との完全な一致を示す 0.925 であったコーエンのカッパ値によっても決定されました。繰り返しになりますが、我々の結果は、中国の長沙にある中南大学、および中国の柳州市にある柳州人民病院の臨床検査部門で行われた研究と同じです17。 上記の良好な統計的一致が記録されたにもかかわらず、カイ 2 乗検定 (MacNemar 検定) は、Sansure Biotech アッセイの結果が CRS と比較して統計的に有意な差があることを示しました (p < 0.005)。 上記の良好な統計的一致が記録されたにもかかわらず、カイ 2 乗検定 (MacNemar 検定) は、Sansure Biotech アッセイの結果が CRS と比較して統計的に有意な差があることを示しました (p < 0.005)。 Несмотря на то, что было зафиксировано указанное выше хорошее статистическое соответствие, критерий хи-квадрат (критерий Макнемара) показал, что результат анализа Sansure Biotech имеет статистически значимое различие по сравнению с CRS (p < 0,005). 上記の良好な統計的一致が記録されましたが、カイ 2 乗検定 (McNemar 検定) は、Sansure Biotech アッセイの結果が CRS と比較して統計的に有意な差があることを示しました (p < 0.005)。上記の良好な統計的一致性は確認されていますが、Sansure Biotech の検査結果は CRS と比較して、統計学的に差があることが示されています (p < 0.005)。前述の良好な一致性が認められたにもかかわらず、検査 ((macnemar 検査は , , sansure biotech 検査結果は crs と比較して、(p < 0.005。。。。。。。。。。。。。。。。。。 。。。）））） Несмотря на отмеченное выше хорошее статистическое соответствие, критерий хи-квадрат (критерий Макнемара) показал статистически значимую разницу (p < 0,005) между анализом Sansure Biotech и CRS. 上記の良好な統計的一致にもかかわらず、カイ 2 乗検定 (McNemar 検定) は、Sansure Biotech アッセイと CRS の間に統計的に有意な差 (p < 0.005) を示しました。CRSと比較して、6つのサンプル（3.66％）が偽陰性であることがわかりました（補足表1）。これは、特にウイルスの感染力学を考えると、非常に重要です。上記のデータも、この検出率の低さを裏付けています15。
この研究では、各アッセイとそれぞれのプラットフォームの Ct 値が決定され、Abbott SARS-CoV-2 アッセイで報告された平均 Ct 値が最も低かった。この結果は、SARS-CoV-2 を検出するためのアボットの同時複合遺伝子検査システムに関連している可能性があります。したがって、図 1 によると、Abbott SARS-CoV-2 の結果の 87.6% で Ct 値が 20 未満でした。少数のサンプル結果 (12.4%) のみが 20 ～ 30 の範囲でした。30を超えるCt値は記録されていません。アボットが SARS-CoV-2 パネル遺伝子検査フォーマットを使用したことに加えて、この結果は検出下限 (32.5 RNA コピー/mL)18 に関連している可能性があり、これは同社の下限である 100 RNA コピーの 3 分の 1 です。 /mL。ミリリットル）19。
この研究にはいくつかの制限があります。まず、リソースが不足しているため、[ウイルス量やその他の臨床検査 (LDA) など] 標準/参照方法がありません。第二に、この研究で使用されたすべての標本は鼻咽頭スワブでしたが、結果は他の標本タイプには当てはまりませんでした.第三に、サンプルサイズが小さかった.
この研究では、鼻咽頭サンプルを使用した SARS-CoV-2 の 4 つの rRT-PCR アッセイの性能を比較しました。Sansure Biotech アッセイを除いて、すべての検出アッセイの性能はほぼ同等でした。 さらに、サンシュア バイオテック アッセイでは、CRS と比較して低い陽性率が確認されました (p < 0.05)。 さらに、サンシュア バイオテック アッセイでは、CRS と比較して低い陽性率が確認されました (p < 0.05)。 Кроме того, в тесте Sansure Biotech は、CRS (p < 0,05). さらに、Sansure Biotech テストは、CRS と比較して低い割合の陽性結果を示しました (p < 0.05)。さらに、CRS と比較して、Sansure Biotech の検出率は低かった (p < 0.05)。さらに、CRS と比較して、Sansure Biotech の検出率は低かった (p < 0.05)。 Кроме того, анализ Sansure Biotech имел полее низкий уровень положительных положительных по сравнению с CRS (p < 0,05). さらに、Sansure Biotech アッセイは、CRS と比較して陽性率が低かった (p < 0.05)。Sansure Biotech nCoV-2019 (RUO) による PPA、NPA、および全体的な一致の分析は 93.5% を超え、一致値の Cohen Kappa 強度は 0.925 でした。最後に、Sansure Biotech Assay (RUO) をエチオピアで使用するにはさらなる検証が必要であり、個々の製造業者からの主張を評価するために追加の研究を検討する必要があります。
比較研究デザインは、アディスアベバ、エカ コテベ病院、ミレニアム チャーチ治療センター、ゼウディトゥ メモリアル病院、セント ピーターズ結核専門病院の 4 つの医療施設で実施されました。データは 2020 年 12 月 1 日から 31 日の間に収集されました。この研究の医療施設は、多数の症例と市内の主要な治療センターの利用可能性に基づいて意図的に選択されました。同様に、ABI 7500 および Abbott m2000 リアルタイム PCR 機器を含む機器は、NAAT 試薬メーカーの推奨に従って選択され、4 つの PCR 検出キットがこの研究のために選択されました。それらの4つ。遺伝子検査、Abbott SARS-CoV-2 検査、Sansure Biotech 検査、研究中に実施された SARS-CoV-2 BGI 検査）。
SARS-CoV-2 の検査は、2020 年 12 月 1 日から 30 日まで、EPHI と呼ばれる COVID-19 の調査中の個人から得た 3 ml のウイルス輸送培地 (VTM) (Miraclean Technology、深圳、中国) を使用して実施されました。鼻咽頭サンプルは、訓練を受けたサンプルコレクターによって収集され、トリプルパックで EPHI に送られました。核酸分離の前に、各サンプルには固有の識別番号が割り当てられます。手動および自動の抽出方法を使用して、到着後すぐに各サンプルから抽出を行います。したがって、Abbott m2000 の自動抽出では、サンプルの 1.3 ml (デッド ボリューム 0.8 ml および抽出インレット ボリューム 0.5 ml を含む) を各サンプルから抽出し、Abbott DNA サンプル調製システム (Abbott Molecular Inc. des Plaines、イリノイ州、米国）。) 96 のバッチ [92 のサンプル、2 つの検出コントロールと 2 つの非テンプレート コントロール (NTC)] は、リアルタイムでの 2 ラウンドの SARS-CoV-2 (EUA) の全体的なプロセス (検索と検出) に含まれていました。採掘。同様に、手動抽出の場合は、同じサンプルを使用します (自動抽出および検出用)。したがって、プロセス全体で、140 µl のサンプルを等分し、QIAamp Viral RNA Mini Kit (QIAGEN GmbH、ヒルデン、ドイツ) を使用して 24 バッチ (20 サンプル、2 つのアッセイ コントロール、2 つの NTC を含む) で 9 ラウンドにわたって抽出しました。手動で抽出した溶出液を増幅し、SARS-CoV-2 BGI アッセイ、Daan Gene アッセイ、および Sansure Biotech アッセイを使用する ABI 7500 サーマルサイクラーを使用して検出しました。
SARS-CoV-2 ウイルス RNA の自動分離および精製は、Abbott DNA サンプル調製試薬を使用した磁気ビーズの原理に従います。サンプルの不活性化とウイルス粒子の可溶化は、グアニジン イソチオシアネートを含む界面活性剤を使用して行い、タンパク質を変性させ、RNase を不活性化します。次いで、シリカを用いた固相分離によってＲＮＡをタンパク質から分離する。すなわち、溶解緩衝液のグアニジニウム塩およびアルカリ性ｐＨが核酸のシリカ（ＳｉＯ ２ ）への結合を促進する。すすぎのステップでは、残りのタンパク質と破片を取り除き、透明な溶液を生成します。透明な RNA は、楽器の磁場を使用してシリカ ベースの微粒子から分離されます。一方、RNA の手動分離精製は、マグネット スタンドの代わりに遠心分離を使用し、溶離液から微粒子を分離するスピン カラム法によって行われます。
Abbott Real-Time SARS-CoV-2 Detection Test (Abbott Molecular, Inc.) は、WHO および FDA から EUA19,22 を受け取った製造元の指示に従って実施されました。このプロトコルでは、抽出前のサンプルの不活性化は、56 °C の水浴で 30 分間行いました。ウイルス不活化後、Abbott m2000 DNA サンプル調製システムを使用して、0.5 ml VTM から Abbott m2000 SP 装置で核酸抽出を行いました。メーカーによると。Abbott m2000 RT-PCR装置を使用して増幅および検出を行い、RdRpおよびN遺伝子について二重検出を行った。ROX) および VIC P (独自の色素) を使用して、内部コントロールのターゲティングと検出を行い、両方の増幅産物の同時検出を可能にします 19 。
このキットの増幅検出方法は、ワンステップ RT-PCR 技術に基づいています。ORF1a/b および N 遺伝子は、Daan Gene Technology によって保存領域として選択され、標的領域の増幅が検出されました。特定のプライマーと蛍光プローブ (FAM で標識された N 遺伝子プローブ、VIC で標識された ORF1a/b プローブ) は、サンプル中の SARS-CoV-2 RNA を検出するために設計されています。最終的な溶離液とマスター ミックスは、5 μl の溶離液を 20 μl のマスター ミックスに加えて最終容量を 25 μl にすることにより調製しました。増幅と検出は、ABI 750024 リアルタイム PCR 装置で同時に実行されました。
ORF1a/b および N 遺伝子は、Sansure Biotech nCoV-2019 核酸診断キット (蛍光 PCR 検出) を使用して検出されました。ORF1a/b 領域の FAM チャネルと N 遺伝子の ROX チャネルを選択して、各標的遺伝子に固有のプローブを準備します。このアッセイ キットに、溶離液とマスター ミックス試薬を次のように追加します。30 μl のマスター ミックス試薬と 20 μl の溶出サンプルを検出/増幅用に準備します。リアルタイム PCR ABI 750025 を増幅/検出に使用しました。
SARS-CoV-2 BGI テストは、COVID-19 を診断するための蛍光リアルタイム rRT-PCR キットです。標的領域は、SARS-CoV-2 ゲノムの ORF1a/b 領域にあり、単一遺伝子検出法です。さらに、ヒトのハウスキーピング遺伝子β-アクチンは、内部的に調節される標的遺伝子です。マスター ミックスは、20 μl のマスター ミックス試薬と抽出された RNA サンプル 10 μl をウェル プレートで混合することによって調製されます26。増幅および検出には、ABI 7500 蛍光定量リアルタイム PCR 装置を使用しました。すべての核酸増幅、各アッセイの PCR 実行条件、および結果の解釈は、それぞれの製造元の指示に従って実行されました (表 3)。
この比較分析では、参照標準法を使用して、4 つの分析の一致率 (正、負、および全体) およびその他の比較パラメーターを決定しませんでした。各テストの比較は CRS を使用して行われました。この研究では、CRS は「すべての陽性」というルールによって設定され、結果は単一のテストではなく、少なくとも 2 つの一致したテスト結果を使用して決定されました。さらに、COVID-19感染の場合、偽陰性の結果は偽陽性の結果よりも危険です。したがって、CRS の結果から可能な限り正確に「陽性」と言うには、少なくとも 2 つのアッセイ テストが陽性でなければなりません。つまり、少なくとも 1 つの陽性結果が EUA アッセイから得られる可能性が高いということです。したがって、4 つの検査結果のうち、同じ結果が得られた 2 つ以上の検査結果は、真の陽性または陰性と見なされます 18,27。
構造化データ抽出フォームを使用してデータを収集し、Excel 統計ソフトウェアと記述統計用の SPSS バージョン 23.0 を使用してデータ入力と分析を実行しました。肯定的、否定的、および全体的な一致率を分析し、カッパ スコアを使用して、各方法と CRS との一致度を決定しました。カッパ値は次のように解釈されます。軽度の一致の場合は 0.01 ～ 0.20、一般的な一致の場合は 0.21 ～ 0.40、中程度の一致の場合は 0.41 ～ 0.60、大きな一致の場合は 0.61 ～ 0.80、完全な一致の場合は 0.81 ～ 0.99 です28。
倫理的クリアランスはアディスアベバ大学から取得し、この研究のすべての実験プロトコルはエチオピア公衆衛生研究所の科学倫理審査委員会によって承認されました。EPHI 倫理ライセンスの参照番号は EPHI/IRB-279-2020 です。すべての方法は、COVID-19 の治療に関するエチオピア国家総合ガイドラインの推奨事項と規定に従って適用されました。さらに、研究に参加する前に、すべての研究参加者から書面によるインフォームド コンセントを得た。
この研究で取得または分析されたすべてのデータは、この公開された記事に含まれています。この研究の結果を裏付けるデータは、合理的な要求に応じて、それぞれの著者から入手できます。
世界保健機構。COVID-19 の臨床検査戦略に関する推奨事項: 暫定ガイダンス、2020 年 3 月 21 日 No. WHO/2019-nCoV/lab_testing/2020.1 (WHO、2020 年)。
Mouliou, DS, Pantazopoulos, I. & Gourgoulianis, KI 救急部門における COVID-19 スマート診断: オールイン プラクティス。 Mouliou, DS, Pantazopoulos, I. & Gourgoulianis, KI 救急部門における COVID-19 スマート診断: オールイン プラクティス。Muliou, DS, Pantazopoulos, I. および Gurgulianis, KI 救急部門における COVID-19 のインテリジェントな診断: すべてが実際に行われています。Muliou DS、Pantazopoulos I.、および Gurgulyanis KI 救急部門における COVID-19 のインテリジェントな診断: 実際のエンドツーエンドの統合。専門家レスパイア牧師。薬。3、263–272（2022）。
Mitchell, SL & St George, K. COVID19 ID NOW EUA アッセイの評価。 Mitchell, SL & St George, K. COVID19 ID NOW EUA アッセイの評価。Mitchell, SL および St. George, K. COVID19 ID NOW EUA アッセイの評価。Mitchell SL と St. George K. COVID19 ID NOW EUA アッセイの評価。Ｊ．クリニカル．ウイルス。128, 104429. https://doi.org/10.1016/j.jcv.2020.104429 (2020).
WHO。人間の病気が疑われる場合のコロナウイルス病 2019 (COVID-19) の検査室での検出。https://www.who.int/publications/i/item/10665-331501 (2020 年 8 月 15 日にアクセス) (WHO、2020 年)。
ウドゥガマ、B.ら。COVID-19 診断: 病気と検査ツール。ACS ナノ 14(4)、3822–3835 (2020)。
Syed S.等。東部、中央および南部アフリカの病理学者の大学 - 中東および南アフリカの病理学の地域学校の設立。アフリカ。Ｊ．Ｌａｂ．薬。9(1)、1-8 (2020)。
エチオピア公衆衛生研究所、連邦保健省。COVID-19 の臨床検査診断のための暫定的な国家戦略とガイダンス。https://ephi.gov.et/images/novel_coronavirus/EPHI_PHEOC_COVID-19_Laboratory_Diagnosis_Eng.pdf (2020 年 8 月 12 日にアクセス) (EPHI、2020 年)。
Woloshin, S., Patel, N. & Kesselheim, AS SARS-CoV-2 感染の課題と影響に関する偽陰性検査。 Woloshin, S., Patel, N. & Kesselheim, AS SARS-CoV-2 感染の課題と影響に関する偽陰性検査。Voloshin S.、Patel N.、および Kesselheim AS SARS-CoV-2 感染とその結果の偽陰性検査。Voloshin S.、Patel N.、および Kesselheim AS 挑発と SARS-CoV-2 感染の影響に関する偽陰性テスト。N.eng。J.医学。383(6)、e38 (2020)。
Mouliou, DS & Gourgoulianis, KI 偽陽性および偽陰性の COVID-19 症例: 呼吸器の予防と管理戦略、ワクチン接種、およびさらなる展望。 Mouliou, DS & Gourgoulianis, KI 偽陽性および偽陰性の COVID-19 症例: 呼吸器の予防と管理戦略、ワクチン接種、およびさらなる展望。 Mouliou, DS & Gourgoulianis, KI Ложноположительные и ложноотрицательные случаи COVID-19: респираторная профилактика и стратегии лечения, вакцинация и дальнейшие перспективы. Mouliou, DS & Gourgoulianis, KI COVID-19 の偽陽性および偽陰性のケース: 呼吸器の予防と治療戦略、ワクチン接種、および今後の展開。Muliu、DS および Gurgulianis、KI COVID-19 の偽陽性および偽陰性の症例: 呼吸器の予防と治療、ワクチン接種、および今後の方法の戦略。専門家レスパイア牧師。薬。15(8)、993–1002 (2021)。
Mouliou, DS, Ioannis, P. & Konstantinos, G. 救急部門での COVID-19 診断: 木は見えても森は失われている. Mouliou, DS, Ioannis, P. & Konstantinos, G. 救急部門での COVID-19 診断: 木は見えても森は失われている.Mouliou, DS、Ioannis, P. および Konstantinos, G. 救急部門での COVID-19 診断: 木を見て、森を失う。Muliou DS、Ioannis P.、および Konstantinos G. 緊急治療室での COVID-19 診断: 木に十分な森ではありません。現れる。薬。J. https://doi.org/10.1136/emermed-2021-212219 (2022).
Degli-Angeli、E.ら。Abbott RealTime SARS-CoV-2 アッセイの分析および臨床性能の検証と検証。Ｊ．クリニカル．ウイルス。129, 104474. https://doi.org/10.1016/j.jcv.2020.104474 (2020).
Mollaei, HR, Afshar, AA, Kalantar-Neyestanaki, D., Fazlalipour, M. & Aflatoonian, B. 従来の RT-PCR によるウイルス感染の検出のための COVID-19 の異なるゲノム領域からの 5 つのプライマー セットの比較。 Mollaei, HR, Afshar, AA, Kalantar-Neyestanaki, D., Fazlalipour, M. & Aflatoonian, B. 従来の RT-PCR によるウイルス感染の検出のための COVID-19 の異なるゲノム領域からの 5 つのプライマー セットの比較。Mollaei, HR, Afshar, AA, Kalantar-Neyestanaki, D., Fazlalipour, M. および Aflatunyan, B. 従来の RT-PCR によるウイルス感染の検出のための COVID-19 ゲノムの異なる領域からの 5 セットのプライマーの比較。 Mollaei, HR, Afshar, AA, Kalantar-Neyestanaki, D., Fazlalipour, M. & Aflatoonian, B. は、COVID-19 の異なる遺伝子群領域から得られた 5 つの誘因セットであり、通常の RT-PCR によるウイルス感染の検出に使用されます。 Mollaei, HR, Afshar, AA, Kalantar-Neyestanaki, D., Fazlalipour, M. & Aflatoonian, B. 従来の RT-PCR によるウイルス感染の検出のための COVID-19 の 5 つの異なる遺伝子領域の比較。Mollaei HR、Afshar AA、Kalantar-Neyestanaki D、Fazlalipour M. および Aflatunyan B. 従来の RT-PCR によるウイルス感染の検出のための COVID-19 ゲノムの異なる領域からの 5 セットのプライマーの比較。イラン。J.微生物学。12（3）、185（2020）。
Goertzer、I.ら。SARS-CoV-2 ゲノム配列の検出に関する国家外部品質評価プログラムの予備結果。Ｊ．クリニカル．ウイルス。129, 104537. https://doi.org/10.1016/j.jcv.2020.104537 (2020).
Wang、M.ら。重症急性呼吸器症候群コロナウイルス 2 に対する 5 つの RT-PCR キットの有効性の分析的評価。J. Clinical.ラボ。肛門。35(1)、e23643 (2021)。
王 B. ら。リアルタイムのポリメラーゼ連鎖反応 (PCR) に基づく、中国で市販されている 7 つの SARS-CoV-2 RNA 検出キットの評価。臨床。化学。ラボ。薬。58(9)、e149–e153 (2020)。
van Casteren、PB等。7 つの市販の RT-PCR COVID-19 診断キットの比較。Ｊ．クリニカル．ウイルス。128、104412 (2020)。
Lu、Yu、他。SARS-CoV-2 核酸の検出のための 2 つの PCR キットの診断性能の比較。Ｊ．クリニカル．ラボ。肛門。34(10)、e23554 (2020)。
Lefart、PR など。4 つの SARS-CoV-2 核酸増幅検査 (NAAT) プラットフォームの比較研究では、ID NOW のパフォーマンスが患者とサンプルの種類に応じて大幅に低下することが示されました。診断。微生物学。感染する。ディス。99(1)、115200 (2021)。
アボット分子。アボットのリアルタイム SARS-CoV-2 分析の添付文書。https://www.molecular.abbott/us/en/products/infectious-disease/RealTime-SARS-CoV-2-Assay.1-12。（2020年8月10日現在）（2020年）。
クライン、S.ら。RT-qPCR および RT-LAMP による迅速な大規模検出のための磁気ビーズを使用した SARS-CoV-2 RNA 分離。ウイルス 12(8)、863 (2020)。
投稿時間: Dec-08-2022