エチオピアのSARS-COV-2を特定するための4つの核酸増幅アッセイの性能

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2019年のコロナウイルス疾患（Covid-19）の発生以来、多くの市販の核酸増幅試験（NAAT）が世界中で開発されており、標準アッセイになっています。いくつかのテストが迅速に開発され、実験室の診断テストに適用されましたが、これらのテストのパフォーマンスはさまざまな設定で評価されていません。したがって、この研究の目的は、複合基準標準（CRS）を使用したAbbott SARS-COV-2、DAAN GENE、BGI、およびSANSURE BIOTECHアッセイの性能を評価することを目的としています。この研究は、2020年12月1日から30日までエチオピアの公衆衛生研究所（EPHI）で実施されました。164鼻咽頭サンプルは、QIAAMP RNA MiniキットとAbbott DNAサンプル準備システムを使用して抽出されました。 164個の標本のうち、59.1％が陽性であり、40.9％がCRSに対して陰性でした。 Sansure Biotechの陽性は、CRSと比較して有意に低かった（P <0.05）。 Sansure Biotechの陽性は、CRSと比較して有意に低かった（P <0.05）。 положительны終SANSURE BIOTECHするまったバイオテクノロジーбыα→ельнонижепосравнению会い（p <0,05）。 Sansure Biotechの肯定的な結果は、CRSと比較して有意に低かった（P <0.05）。与CRS相比、Sansure Biotech 的阳性率显着较低（P <0.05 ）。与CRS相比、Sansure Biotech 的阳性率显着较低（P <0.05 ）。 sansure biotechですбылозtheзtech雑年親om日。 Sansure Biotechは、CRSと比較して肯定的な結果が大幅に少ない（P <0.05）。4つの分析の全体的な一致は、CRSと比較して96.3〜100％でした。 Sansure Biotechアッセイの低陽性率に加えて、4つのアッセイの性能はほぼ同等でした。そのため、Sansure Biotech [Research Only（RUO）]アッセイでは、エチオピアでの使用のために追加の検証が必要です。最後に、適切なメーカーの主張を伴うアッセイを評価するために、追加の研究を検討する必要があります。
臨床検査は、世界保健機関（WHO）コロナウイルス疾患2019（Covid-19）の準備と反応（SPRP）の戦略計画の一部です。国は、準備、適切な症例管理、警戒、公衆衛生上の課題に対する迅速な対応を改善するために、研究室の能力を構築する必要があると助言しています。これは、実験室の役割が、新たな感染因子の病気と疫学を特徴付けるための鍵であり、それらの拡散を制御することを示唆しています。
COVID-19の診断には、疫学的および医学的情報、個人の症状/兆候、X線撮影および実験室のデータが必要です2。中国のウハンでCovid-19の発生が報告されて以来、世界中で多くの市販の核酸増幅試験（NAAT）が開発されています。リアルタイム逆転写ポリメラーゼ連鎖反応（RRT-PCR）は、重度の急性呼吸器症候群（SARS-COV-2）3感染の臨床検査診断のための日常的および標準的な方法として使用されています。 SARS-COV-2の分子検出は、通常、ORF1A/B（オープンリーディングフレーム1A/B）のN（ヌクレオカプシドタンパク質遺伝子）、E（エンベロープタンパク質遺伝子）、およびRDRP（RNA依存性RNAポリメラーゼ遺伝子）遺伝子に基づいています。遺伝子）ウイルスゲノムから識別された領域。それらは、ウイルス認識のウイルスゲノムに見られる主要な保存領域であると考えられています4。これらの遺伝子の中で、RDRPおよびE遺伝子は高い分析的検出感度を持ち、N遺伝子は分析感度が低い5。
PCRアッセイの性能は、抽出試薬、増幅/検出試薬、抽出方法、PCRマシンの品質、その他の機器などのさまざまな要因によって異なる場合があります。 2020年4月の時点で、9か国から48を超える異なる診断デバイスがCovid-196診断の緊急使用許可（EUA）を受けています。エチオピアでは、14を超えるリアルタイムPCRプラットフォームが、ABI 7500、Abbott M2000、Roche 48000、Quant-Studio7を含む26の公衆衛生機関でのSARS-COV-2のPCR検出に使用されています。さらに、DAAN遺伝子テスト、Abbott SARS-COV-2テスト、Sansure Biotechテスト、SARS-COV-2 BGIテストなど、さまざまなPCRテストキットが利用可能です。 RRT-PCRは非常に敏感ですが、COVID-19の一部の患者は、不適切な収集、輸送、貯蔵および取り扱い、および臨床検査によるサンプルのウイルスリボ核酸（RNA）のコピーが不十分なため、偽陰性の結果を報告しています。人員の条件と行動8。さらに、サンプルまたはコントロールの誤って、サイクルしきい値（CT）設定、および他の病原性核酸または不活性/残留SARS-COV-2 RNAとの交差反応性は、RRT-PCR9アッセイで偽陽性の結果をもたらす可能性があります。したがって、PCRテストは、本当に活性なウイルス遺伝子を区別することさえできないため、遺伝子断片のキャリアを実際に識別できることは明らかです。したがって、設定で標準的な方法を使用して診断パフォーマンスを評価することが重要です。多くのNAAT試薬はエチオピア公衆衛生研究所（EPHI）で利用可能であり、全国で利用できますが、その有効性の比較評価はまだ報告されていません。したがって、この研究の目的は、臨床標本を使用したRRT-PCRによるSARS-COV-2の検出のために市販のキットの比較性能を評価することを目的としています。
COVID-19の疑いがある合計164人の参加者がこの研究に含まれていました。サンプルの大部分は治療センター（118/164 = 72％）からのものであり、残りの46（28％）の参加者は非治療センターからのものでした。センターで治療を受けていない参加者のうち、15人（9.1％）が臨床的に疑われる症例があり、31人（18.9％）が確認された症例の接触を持っていました。 93（56.7％）の参加者は男性であり、参加者の平均（±SD）年齢は31.10（±11.82）年でした。
この研究では、Covid-19の4つのテストの正と負の割合が決定されました。したがって、Abbott SARS-COV-2アッセイ、DAAN GENE 2019-NCOVアッセイ、SARS-COV-2 BGIアッセイ、およびSansure Biotech 2019-NCOVアッセイの陽性率は、それぞれ59.1％、58.5％、57.9％、55.5％でした。正と負の複合参照標準（CRS）スコアは、それぞれ97（59.1％）と67（40.9％）でした（表1）。この研究では、CRSの定義は「すべての肯定的な」ルールに基づいており、4つのテスト結果のうち、同じ結果を与えた2つ以上のテスト結果が真の正または負と見なされました。
この研究では、CRSと比較してすべての分析で100％（95％CI 94.6–100）の負の割合契約（NPA）が見つかりました。 Sansure Biotechnology分析では、93.8％（95％CI 87.2-97.1）の最小PPAが示され、Daan Gene 2019-NCOV分析の全体的な一致は99.4％（95％CI 96.6-99.9）でした。対照的に、SARS-COV-2 BGIアッセイとSansure Biotech 2019-NCOVアッセイとの間の全体的な一致は、それぞれ98.8％と96.3％でした（表2）。
COHENのCRSとAbbott SARS-COV-2アッセイの結果の間の一致係数は完全に一貫していました（k = 1.00）。同様に、DAAN GENE 2019-NCOV、SARS-COV-2 BGI、およびSansure Biotech 2019-NCOVによって検出されたCohenのKappa値も、CRSと完全に一致しています（K≥0.925）。この比較分析では、カイ二乗検定（McNemarテスト）は、Sansure Biotech 2019-NCOVアッセイの結果がCRSの結果と有意に異なることを示しました（P = 0.031）（表2）。
図に示すように。1 Abbott SARS-COV-2アッセイ（RDRPとN遺伝子の組み合わせ）の最低CT値（20 ct）の割合は87.6％であり、Sansure Biotech 2019-NCOVアッセイのORF1A/B遺伝子CT値は、低CT値の割合（<20 ct）が50.3％であり、高CT値（36-40 CT）であることが示されました。 1 Abbott SARS-COV-2アッセイ（RDRPとN遺伝子の組み合わせ）の最低CT値（20 ct）の割合は87.6％であり、Sansure Biotech 2019-NCOVアッセイのORF1A/B遺伝子CT値は、低CT値の割合（<20 ct）が50.3％であり、高CT値（36-40 CT）であることが示されました。図に示すように。1、процентнтнаиフラッティング兄弟з​​するct（<20 ct）アボットSARS-COV-2（賛成orf1a/b灰バイオテクノロジー2019-ncovпокалочтопроцентн艦掛入見つけてください。3,2％。 1、Abbott SARS-COV-2の最低CT値（<20 CT）分析の割合（遺伝子RDRPとNを組み合わせた）は87.6％であり、Sansure Biotech 2019-NCOVのORF1A/B遺伝子分析のCT値は、低CT値（<20 ct）の割合が50.3％（<20 ct）であることを示しました。如图1所示、Abbott SARS-COV-2 检测（结合RDRP 和N基因）的最低CT值百分比（ <20 CT ）为87.6％、Sansure Biotech 2019-NCOV检测的ORF1A/B基因CT值显示低CT值显示低（<20 CT）的百分比为50.3％ 図1に示すように、Abbott SARS-COV-2テスト（RDRPとN遺伝子の組み合わせ）の最低CT値パーセンテージ（<20 CT）は87.6％で、Sansure BiotechのORF1A/B遺伝子CT値は、低いCT值（<20 CT）的パーセントIS（<20 CT）的パーセントです。 フィーソウのサルスコフ-2（もっと€rdrp n）アボット・サルス・コフ-2（ыrddrp n）アボット・サルス・コフ2（ 87,6％、ззнач遠ctの87,6％、ct orf1a/bbванииsansure biotech 2019-灰の灰色 図1に示すように、Abbott SARS-COV-2アッセイ（RDRPとN遺伝子を組み合わせた）は、87.6％で最も低いパーセンテージCT値（<20 CT）でしたが、Sansure Biotech 2019研究のORF1A/B遺伝子のCT値 - NCOVの分析は低CTを示しました。 表んぐさ（<20 ct）（<20 ct）→50,3％、аorпроцентか550,3％、 値の割合（<20 ct）は50.3％で、高いCT値（36〜40 ct）の割合は3.2％でした。Abbott SARS-COV-2 Bテストは、30を超えるCT値を記録しました。 一方、BGI SARS-COV-2アッセイORF1A/B遺伝子のCT値（> 36 CT）の割合は4％でした（図1）。 一方、BGI SARS-COV-2アッセイORF1A/B遺伝子のCT値（> 36 CT）の割合は4％でした（図1）。 アカウム、сторонーター、Ваналート兄弟 一方、BGI SARS-COV-2遺伝子ORF1A/Bの分析では、CT値が高い（> 36 CT）、その割合は4％でした（図1）。另一方面、在bgi sars-cov-2检测中、orf1a/b基因具有高ct 一方、BGI SARS-COV-2検出では、CT値が高い（> 36 CT）のORF1A/B遺伝子の割合は4％です（図1）。 アカウム、сторонーター、Ваналートз’BGI SARS-COV-2процентVゲー。 一方、BGI SARS-COV-2分析では、CT値が高い（> 36 CT）のORF1A/B遺伝子の割合は4％でした（図1）。
この研究では、164個の鼻咽頭サンプルを採取しました。あらゆるタイプのアッセイについて、RNAの分離と増幅は、それぞれのメーカーが推奨する方法とキットを使用して実行されました。
この研究は、SARS-COV-2のアボットのテストがCRSと同じ検出性能を持ち、100％陽性、陰性、および全体的な一致を持つことを実証しました。コーエンのカッパ契約は1.00であり、CRSとの完全な一致を示しています。米国のワシントン大学による同様の研究では、CDCの実験室で決定されたアッセイ（LDA）と比較して、SARS-COV-2のAbbottテストの全体的な感度と特異性はそれぞれ93％および100％であることがわかりました。 11. Abbott SARS-COV-2検出システムは、両方の遺伝子がより感度が高く、偽陰性を最小化するため、NとRDRP遺伝子の同時検出に基づいています12。オーストリアのウィーンでの研究では、大量の抽出サンプル量と検出溶離容積が希釈効果と検出効率の向上を最小限に抑えることも示されました13。したがって、AbbottのSARS-COV-2アッセイに完全にマッチすることは、組み合わせ遺伝子を同時に検出し、多数のサンプル（0.5 mL）を抽出し、大量の溶出感（40 µL）を使用するプラットフォーム検出システムに関連付けることができます。
また、私たちの結果は、DAAN遺伝子検査の検出性能がCRSの検出性能とほぼ同じであることも示しました。これは、中国フアイナンのアンフイ大学で実施された研究14および100％の肯定的な一致というメーカーの主張と一致しています。一貫した結果の報告にもかかわらず、1つのサンプルは同じ溶離液を再テストした後の偽陰性でしたが、アボットサルス-COV-2およびSansure Biotech NCOV-2019アッセイでは陽性でした。これは、さまざまなタイプのアッセイで結果に変動がある可能性があることを示唆しています。 それにもかかわらず、中国で実施された研究では、DAAN遺伝子アッセイの結果は、ラボ定義の参照アッセイと比較して有意に異なっていました（P <0.05）。 それにもかかわらず、中国で実施された研究では、DAAN遺伝子アッセイの結果は、ラボ定義の参照アッセイと比較して有意に異なっていました（P <0.05）。 勝する虚偽、Висследовании、проведенномвな算ryth上鞭鞭打ち点 しかし、中国15の研究では、Daan Geneの分析結果は、実験室参照分析とは有意に異なっていました（P <0.05）。然而、在中国进行的研究中15、大安基因检测的结果与其实验室定义的参考检测相比有显着差异（ p <0.05 ）。然而、在中国进行的研究中15、大安基因检测的结果与其实验室定义的参考检测相比有显着差<0.05 �днаковиссしか説明アカウム圏ээ虚下するげ しかし、中国15の研究では、Daanの遺伝子検査の結果は、その参照臨床検査と比較して有意に異なっていました（P <0.05）。この矛盾は、SARS-COV-2を検出するための参照テストの感度によるものである可能性があり、原因を決定するためにさらなる研究が重要である可能性があります。
さらに、我々の研究では、SARS-COV-2 BGIアッセイとCRSの比較性能を評価し、優れた正の一致（PPA = 97.9％）、負の割合一致（NPA = 100％）、およびジェンダー（OPA）による全体的な割合の合意を示しました。 ）。 = 98.8％）。コーエンのカッパの値は、良い一致を示しました（k = 0.975）。オランダ16および中国15の研究では、一貫した結果が示されています。 SARS-COV-2 BGIテストは、10 µLの増幅/検出排出を使用した単一の遺伝子（ORF1A/B）検出テストです。参照結果との良好な統計的一致にもかかわらず、分析では、総サンプルの2つの正のサンプル（1.22％）を逃しました。これは、患者レベルとコミュニティレベルの両方で、伝播ダイナミクスに大きな臨床的影響を与える可能性があります。
この研究に含まれる別の比較分析は、Sansure Biotech NCOV-2019 RRT-PCR（RUO）アッセイでした。一致率全体は96.3％でした。合意の強さは、CohenのKappa値によっても決定されました。これは0.925であり、CRSとの完全な一致を示しています。繰り返しになりますが、我々の結果は、中国のチャンシャにある中央サウス大学、および中国のLiozhou市のLizhou People's Hospitalの臨床研究所で実施された研究と同じです17。 上記の良好な統計的な一致が記録されたにもかかわらず、カイ二乗検定（Macnemarテスト）は、Sansure Biotechアッセイの結果がCRSと比較して統計的に有意な差を持っていることを示しました（P <0.005）。 上記の良好な統計的な一致が記録されたにもかかわらず、カイ二乗検定（Macnemarテスト）は、Sansure Biotechアッセイの結果がCRSと比較して統計的に有意な差を持っていることを示しました（P <0.005）。 несмотрянато、ч©−былозаですзаですуオタール（賛成派³териймакнеイドかに）показал、чторез遠問わるанализаSANSUREBIOTECHƒ¬ñor¯�татаескиззнаランセケットピェート0,005）。 上記の良好な統計的一致は記録されましたが、カイ二乗検定（McNemarテスト）は、Sansure Biotechアッセイの結果がCRSと比較して統計的に有意な差を持っていることを示しました（P <0.005）。尽管记录了上述良好的统计一致性、但卡方检验（マクネマー检验）表明、サンサーバイオテクノロジー尽管记录尽管记录了上述良好良好、但、但但（（ （（ （（ （（检验检验 несмотрянаоびченноеここышхоророш話статистическоесоот循定き。 статисти寄りз哀用語ч愛をなす€разницするまっている（P <0,005）するまで 上記の良好な統計的一致にもかかわらず、カイ二乗検定（McNemarテスト）は、Sansure BiotechアッセイとCRSの間に統計的に有意な差（P <0.005）を示しました。6つのサンプル（3.66％）がCRSと比較して偽陰性であることがわかりました（補足表1）。これは非常に重要です。特に、ウイルスの伝播のダイナミクスを考えると、これは非常に重要です。上記のデータは、この低検出率もサポートしています15。
この研究では、Abbott SARS-COV-2アッセイで報告されている最も低い平均CT値で、各アッセイとそれぞれのプラットフォームでCT値が決定されました。この結果は、SARS-COV-2を検出するためのアボットと同時に組み合わせた遺伝子検査システムに関連している可能性があります。したがって、図1によれば、Abbott SARS-COV-2の結果の87.6％のCT値は20未満でした。20〜30の範囲にあるサンプル結果（12.4％）の数のみがありました。 30を超えるCT値は記録されていません。 AbbottがSARS-COV-2パネルの遺伝子検査形式を使用したことに加えて、この結果は、100 RNAコピー/mlの下限の3倍低い検出限界（32.5 RNAコピー/ml）18に関連している可能性があります。 ml）19。
この研究にはいくつかの制限があります。まず、リソースの不足により標準/参照方法（ウイルス量やその他の臨床検査（LDA）など）はありません。第二に、この研究で使用されたすべての標本は鼻咽頭スワブでしたが、結果は他の標本タイプには適用できず、3番目にサンプルサイズは小さかった。
この研究は、鼻咽頭サンプルを使用したSARS-COV-2の4つのRRT-PCRアッセイの性能を比較しました。すべての検出アッセイは、Sansure Biotechアッセイを除き、ほぼ同等のパフォーマンスを持っていました。 その上、CRSと比較して、Sansure Biotechアッセイで低い陽性率が特定されました（P <0.05）。 その上、CRSと比較して、Sansure Biotechアッセイで低い陽性率が特定されました（P <0.05）。 賛成するまで、サンサーバイオテクノロジー◦ы虚いバイオテクノロジ。 さらに、Sansure Biotechテストでは、CRSと比較して陽性の結果の割合が低いことが示されました（P <0.05）。此外、与crs相比、sansureバイオテクノロジー（p <0.05）。此外、与crs相比、sansureバイオテクノロジー（p <0.05）。 賛成するまで、Sansure Biotechàtechƒболеенизкийあなたのサンサーバイオテクノロジ。 さらに、Sansure Biotechアッセイは、CRSと比較して陽性率が低かった（P <0.05）。Sansure Biotech NCOV-2019（RUO）PPA、NPAおよび全体的な合意の分析は93.5％を超え、Cohen Kappaの合意値は0.925です。最後に、Sansure Biotechアッセイ（RUO）はエチオピアでの使用のためのさらなる検証が必要であり、個々のメーカーからの請求を評価するために追加の研究を検討する必要があります。
比較研究デザインは、Addis Ababa、Eka Kotebe Hospital、Millennium Church Treatment Center、Zewooditu Memorial Hospital、およびSt. Peter's Tuberculosis Specialist Specialist Hospitalの4つの医療施設で実施されました。データは2020年12月1日から31日の間に収集されました。この研究の医療施設は、都市の主要な治療センターの利用可能性に基づいて意図的に選択されました。同様に、ABI 7500およびAbbott M2000リアルタイムPCR機器を含む機器は、NAAT試薬メーカーの推奨事項に従って選択され、エチオピアのほとんどの研究所が少なくとも4つ使用したため、この研究のために4つのPCR検出キットが選択されました。遺伝子検査、Abbott SARS-COV-2テスト、Sansure Biotechテスト、およびSARS-COV-2 BGIテストが研究中に実施されました）。
SARS-COV-2のテストは、2020年12月1日から30日まで、3 mLのウイルス輸送培地（VTM）（Miraclean Technology、中国、中国、中国、Miraclean Technology）を使用して、Covid-19の調査中の個人からEphiに言及しました。鼻咽頭サンプルは、訓練を受けたサンプルコレクターによって収集され、トリプルパックでEPHIに送られました。核酸分離の前に、各サンプルに一意の識別番号が割り当てられます。手動および自動抽出方法を使用して、到着後すぐに各サンプルから抽出が行われます。したがって、アボットM2000の自動抽出のために、サンプルの1.3 mL（0.8 mLのデッドボリュームと0.5 mLの入口体積を含む）を各サンプルから抽出し、Abbott DNAサンプル調製システム（Abbott Molecular Inc. DES Plaines、IL、USA）を通過しました。 ）96 [92のサンプル、2つの検出コントロール、2つの非テンプレートコントロール（NTC）]のバッチが、2ラウンドのSARS-COV-2（EUA）の全体的なプロセス（検索および検出）にリアルタイムで含まれていました。マイニング。同様に、手動抽出には同じサンプルを使用します（自動抽出と発見に）。したがって、プロセス全体を通して、140 µLのサンプルをアリコートし、QIAAMPウイルスRNA MINIキット（Qiagen GmbH、ヒルデン、ドイツ、ドイツ）を使用して抽出しました（20個のサンプル、2つのアッセイコントロール、2つのNTCを含む）。手動で抽出された溶出物を増幅し、SARS-COV-2 BGIアッセイ、DAAN遺伝子アッセイ、およびSansure Biotechアッセイを使用してABI 7500サーマルサイクラーを使用して検出しました。
SARS-COV-2ウイルスRNAの自動化された分離と精製は、Abbott DNAサンプル調製試薬を使用して磁気ビード原理に従います。サンプルの不活性化とウイルス粒子の可溶化は、タンパク質を変性させ、RNaseを不活性化するために、イソチオシアン酸グアニジンを含む界面活性剤を使用して実行されます。次に、RNAは、シリカ、つまりグアニジニウム塩と溶解緩衝液のアルカリ性pHを使用した固相分離によりタンパク質から分離され、核酸のシリカ（SIO2）への結合を促進します。すすぎステップは、残りのタンパク質と破片を除去して、明確な溶液を生成します。透明性RNAは、機器の磁場20,21を使用して、シリカベースの微粒子から分離されています。一方、RNAの手動分離と精製は、磁気スタンドの代わりに遠心分離と溶離液からの微粒子の分離を使用して、スピンカラム法によって実行されます。
AbbottのリアルタイムSARS-COV-2検出テスト（Abbott Molecular、Inc。）は、WHOとFDAからEUA19,22を受け取ったメーカーの指示に従って実行されました。このプロトコルでは、抽出前のサンプルの不活性化を56°Cの水浴で30分間行いました。ウイルスの不活性化後、Abbott M2000 DNAサンプル調製システムを使用して、0.5 mL VTMからAbbott M2000 SP機器で核酸抽出を実施しました。メーカーによると。 Abbott M2000 RT-PCR機器を使用して増幅と検出を実行し、RDRPおよびN遺伝子に対して二重検出を実行しました。内部コントロールのターゲティングと検出のためのRox）およびVic P（独自の色素）、両方の増幅産物の同時検出を可能にします19。
このキットの増幅検出方法は、ワンステップRT-PCRテクノロジーに基づいています。 ORF1A/BおよびN遺伝子は、標的領域の増幅を検出するために、DAAN遺伝子技術によって保存された領域として選択されました。特定のプライマーと蛍光プローブ（FAMでラベル付けされたN遺伝子プローブ、vicで標識されたORF1A/Bプローブ）は、サンプル中のSARS-COV-2 RNAを検出するように設計されています。最終的な溶離液とマスターミックスは、5 µLの溶離液を20 µLのマスターミックスに25 µLの最終ボリュームに加えて調製しました。増幅と検出は、ABI 750024リアルタイムPCR機器で同時に実行されました。
orf1a/bおよびn遺伝子は、Sansure Biotech NCOV-2019 Nucleat酸診断キット（蛍光PCR検出）を使用して検出されました。 ORF1A/B領域のFAMチャネルとN遺伝子のROXチャネルを選択して、各ターゲット遺伝子に特定のプローブを準備します。このアッセイキットには、EluentおよびMaster Mixの試薬が次のように追加されます。検出/増幅のために、30 µLマスターミックス試薬と20 µLの溶出されたサンプルを準備します。リアルタイムPCR ABI 750025は、増幅/検出に使用されました。
SARS-COV-2 BGIテストは、COVID-19の診断のための蛍光リアルタイムRRT-PCRキットです。ターゲット領域は、SARS-COV-2ゲノムのORF1A/B領域にあり、これは単一の遺伝子検出方法です。さらに、ヒトのハウスキーピング遺伝子β-アクチンは、内部的に調節されている標的遺伝子です。マスターミックスは、マスターミックス試薬20 µLと抽出されたRNAサンプル10 µLをウェルプレート26に混合することにより調製されます。 ABI 7500蛍光量的リアルタイムPCR機器を増幅と検出に使用しました。すべての核酸増幅、各アッセイのPCRの実行条件、および結果の解釈は、それぞれのメーカーの指示に従って実行されました（表3）。
この比較分析では、参照標準メソッドを使用して、4つの分析のパーセント一致（正、ネガティブ、および全体）およびその他の比較パラメーターを決定しませんでした。各テストの比較はCRSで行われました。この研究では、CRSはルール「任意の陽性」によって設定され、結果は単一のテストではなく決定され、少なくとも2つの一致したテスト結果を使用しました。さらに、Covid-19の伝播の場合、偽陰性の結果は誤検知の結果よりも危険です。したがって、CRSの結果からできるだけ正確に「陽性」と言うことは、少なくとも2つのアッセイテストが正でなければなりません。つまり、少なくとも1つの肯定的な結果がEUAアッセイから生じる可能性が高いことを意味します。したがって、4つのテスト結果のうち、同じ結果を与える2つ以上のテスト結果は、真の陽性または陰性と見なされます18,27。
データは、構造化されたデータ抽出フォームを使用して収集され、データ入力と分析は、説明統計のためにExcel統計ソフトウェアとSPSSバージョン23.0を使用して実行されました。陽性、負、および全体的な一致の一致を分析し、カッパスコアを使用して、各メソッドのCRSとの一致の程度を決定しました。カッパ値は次のように解釈されます：軽度の合意では0.01〜0.20、一般的な合意は0.21〜0.40、中程度の合意では0.41-0.60、主要な契約では0.61-0.80、完全な契約のために0.81-0.99。
倫理的クリアランスはアディスアベバ大学から得られ、この研究のすべての実験プロトコルはエチオピア公衆衛生研究所の科学倫理審査委員会によって承認されました。 EPHI Ethicsライセンスの参照番号はEPHI/IRB-279-2020です。すべての方法は、エチオピアの国家包括的なガイドラインの勧告と規定に従って、Covid-19の治療に関するものでした。さらに、研究に参加する前に、書面によるインフォームドコンセントがすべての研究参加者から得られました。
この研究で取得または分析されたすべてのデータは、この公開された記事に含まれています。この研究の結果をサポートするデータは、合理的な要求に応じてそれぞれの著者から入手できます。
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